As cores dos vértices e arestas são guardadas nos objetos através de propriedades. Cada propriedade possui uma chave específica, que fica guardada na interface.

Por exemplo, o objeto vértice, representado pela interface INode possui as seguintes propriedades:

INode.INODE_LABEL_PROPERTY_ID;       
INode.INODE_COLOR_PROPERTY_ID;

Da mesma forma, uma aresta possui:

IEdge.IEDGE_COLOR_PROPERTY_ID

Então, como pegar uma propriedade do vértice n qualquer?

n.getPropertyValue(INode.INODE_LABEL_PROPERTY_ID);

Isso retorna uma String com o label do vértice. Isso é exatamente o que o metodo getLabel faz.

De forma análoga a operação

RGB cor = (RGB)n.getPropertyValue(INode.INODE_COLOR_PROPERTY_ID);

retorna um objeto da classe RGB (org.eclipse.swt.graphics.RGB) e armazena na variavel cor

Para rodar o exemplo abaixo você precisa fazer Run As.. -> SWT Application e não Run As.. -> Java Application, como de costume

import java.util.ArrayList;
import org.eclipse.swt.SWT;
import org.eclipse.swt.graphics.Color;
import org.eclipse.swt.widgets.Display;
import org.projetorox.rox.graphapi.analysis.GraphUtils;
import org.projetorox.rox.graphapi.edge.IEdge;
import org.projetorox.rox.graphapi.graph.IGraph;
import org.projetorox.rox.ui.node.simple.SimpleNode;

//Rode esta classe como SWT Application
public class Main {
	
	public static void main(String[] args) throws Exception{
		//captura o grafo
		IGraph grafo = GraphUtils.getInstance().getGraph("myGraph.graph");
		
		//pega todas as arestas
		ArrayList a = new ArrayList(grafo.getEdges());

		//pega a primeira aresta
		IEdge e = (IEdge)a.get(0);

		//colore essa aresta

		Display d = new Display();  
		e.setPropertyValue(IEdge.IEDGE_COLOR_PROPERTY_ID, d.getSystemColor(SWT.COLOR_GREEN).getRGB());

		//escreve o grafo em outro arquivo
		grafo.setName("novografo.graph");

		GraphUtils.getInstance().writeGraph(grafo, "novografo.graph");
	}
}